Hay una pregunta que debería ser sencilla y que, sin embargo, genera una cantidad desproporcionada de confusión: qué obligaciones contables tiene una empresa en España. La respuesta depende de la forma jurídica, del régimen fiscal y, en algunos casos, del tamaño de la actividad. Y el problema no es que la información no exista — está toda en el Código de Comercio, en la Ley de Sociedades de Capital, en el Código Civil y en media docena de normativas sectoriales. El problema es que nadie se sienta a leer todo eso junto, y el resultado es que muchas empresas y autónomos cumplen a medias, cumplen tarde o directamente no cumplen, no por mala fe sino por desconocimiento.
Lo que sigue es un recorrido ordenado por las obligaciones contables que la legislación española impone a cada tipo de entidad. No es un resumen genérico ni una lista de buenas prácticas: es lo que dice la ley, con referencias a los artículos concretos, para que cualquiera pueda saber exactamente qué le toca hacer y cuáles son las consecuencias de no hacerlo.
«El autónomo no necesita más disciplina ni otro tutorial de productividad. Necesita menos herramientas que no conectan entre sí.» — Cruasan, Departamento de verdades incómodas
El marco general: qué dice el Código de Comercio
El punto de partida de las obligaciones contables en España es el Código de Comercio, Título III, Sección 1ª (artículos 25 a 30). El artículo 25 establece una obligación que aplica a todo empresario sin excepción: llevar una contabilidad ordenada, adecuada a la actividad de la empresa, que permita un seguimiento cronológico de todas sus operaciones y la elaboración periódica de balances e inventarios.
Esta obligación no es optativa ni depende del tamaño del negocio. Un autónomo que factura veinte mil euros al año y una sociedad anónima que factura veinte millones están sujetos al mismo principio: contabilidad ordenada, libros obligatorios y conservación de la documentación durante seis años desde el último asiento registrado.
Los libros que el Código de Comercio exige con carácter general son dos: el libro diario, donde se registran día a día todas las operaciones relativas a la actividad empresarial, y el libro de inventarios y cuentas anuales, que se abre con el balance inicial detallado de la empresa y recoge trimestralmente los balances de comprobación de sumas y saldos, cerrándose con el inventario de cierre y las cuentas anuales. Además, el artículo 28 obliga a formular cuentas anuales que comprendan el balance, la cuenta de pérdidas y ganancias, un estado que refleje los cambios en el patrimonio neto, un estado de flujos de efectivo y la memoria.
Art. 25
El Código de Comercio obliga a todo empresario a llevar contabilidad ordenada
Código de Comercio, Título III, Sección 1ª
Todo esto suena a algo que solo afecta a sociedades grandes, pero la realidad es que el Código de Comercio habla de «todo empresario», lo que incluye a los empresarios individuales — es decir, a los autónomos. La diferencia está en cómo la normativa fiscal modula esa obligación general dependiendo del régimen en el que tributen, que es exactamente lo que se explica a continuación.
Autónomos: estimación directa, estimación objetiva y lo que cambia entre ambas
Las obligaciones contables de un autónomo en España dependen fundamentalmente de su régimen de determinación del rendimiento en el IRPF. Y aquí es donde muchos autónomos se pierden, porque no es lo mismo estar en estimación directa normal, en estimación directa simplificada o en estimación objetiva (módulos), y las obligaciones registrales de cada régimen son distintas.
Estimación directa normal. Es el régimen más exigente. El autónomo que tributa en estimación directa normal tiene la obligación de llevar contabilidad ajustada al Código de Comercio y al Plan General de Contabilidad, exactamente igual que una sociedad mercantil. Eso significa libro diario, libro de inventarios y cuentas anuales, y todos los registros que eso implica. En la práctica, muy pocos autónomos están en este régimen porque se aplica cuando la cifra de negocios del año anterior supera los 600.000 euros, pero los que están tienen que cumplir con una contabilidad completa.
Estimación directa simplificada. Es el régimen más habitual para autónomos. No exige contabilidad formal ajustada al Plan General de Contabilidad, pero sí obliga a llevar los siguientes libros registro: libro registro de ventas e ingresos, libro registro de compras y gastos, y libro registro de bienes de inversión. Estos libros deben conservarse durante al menos cuatro años (el plazo de prescripción tributaria) y estar disponibles para cualquier requerimiento de la Agencia Tributaria.
Estimación objetiva (módulos). Los autónomos que tributan por módulos tienen las obligaciones registrales más reducidas: solo deben conservar las facturas emitidas y recibidas y los justificantes de los signos, índices o módulos aplicados. No están obligados a llevar libros registro de ingresos y gastos, aunque muchos lo hacen igualmente porque es la única forma de saber si les conviene seguir en módulos o pasarse a directa.

Lo que no cambia en ninguno de los tres regímenes es la obligación de emitir facturas completas por cada operación, conservar la documentación y cumplir con las obligaciones de IVA — que incluyen sus propios libros registro (facturas expedidas, facturas recibidas, bienes de inversión y, en su caso, determinadas operaciones intracomunitarias). Estas obligaciones son independientes del IRPF y aplican a todos los autónomos salvo los que están en régimen de recargo de equivalencia, que tampoco se libran completamente porque siguen teniendo obligaciones de registro ante operaciones intracomunitarias.
Para quien quiera profundizar en la facturación del autónomo, hay una guía específica en la página de facturación para autónomos que cubre los aspectos prácticos del día a día.
Sociedades mercantiles: SL, SA y la contabilidad completa
Las sociedades limitadas (SL) y las sociedades anónimas (SA) tienen las obligaciones contables más extensas del ordenamiento jurídico español. Están reguladas por el Código de Comercio (artículos 25 a 49), por la Ley de Sociedades de Capital (Real Decreto Legislativo 1/2010) y por el Plan General de Contabilidad (RD 1514/2007) o el Plan General de Contabilidad de Pymes (RD 1515/2007), según el tamaño de la empresa.
«La factura no es un PDF. Es el átomo del dato empresarial. Cada factura genera un asiento, cada asiento cuadra con el banco, cada movimiento alimenta los informes. Capa sobre capa, como un buen hojaldre.» — Cruasan
Libros obligatorios. Toda sociedad mercantil debe llevar, como mínimo, el libro diario, el libro de inventarios y cuentas anuales, y el libro de actas. Las sociedades limitadas llevan además el libro registro de socios, y las sociedades anónimas el libro registro de acciones nominativas. Todos estos libros deben legalizarse en el Registro Mercantil correspondiente.
Cuentas anuales. Aquí es donde la cosa se pone seria. La Ley de Sociedades de Capital (artículos 253 a 284) establece con precisión los plazos y el contenido de las cuentas anuales:
- Formulación: los administradores tienen un plazo máximo de tres meses desde el cierre del ejercicio para formular las cuentas anuales. Si el ejercicio coincide con el año natural (que es lo habitual), eso significa antes del 31 de marzo.
- Aprobación: la junta general ordinaria debe reunirse dentro de los seis primeros meses del ejercicio para aprobar las cuentas anuales. Con ejercicio natural, el plazo límite es el 30 de junio.
- Depósito en el Registro Mercantil: una vez aprobadas, las cuentas anuales deben depositarse en el Registro Mercantil dentro del mes siguiente a su aprobación. Es decir, como muy tarde el 30 de julio si se aprobaron el último día del plazo.
| Obligación | Plazo | Responsable |
|---|---|---|
| Formulación de cuentas anuales | 3 meses desde cierre (31 marzo) | Administradores |
| Aprobación en junta general | 6 meses desde cierre (30 junio) | Junta de socios/accionistas |
| Depósito en Registro Mercantil | 1 mes tras aprobación (30 julio) | Administradores |
| Legalización de libros | 4 meses desde cierre (30 abril) | Administradores |
El depósito de cuentas no es opcional. Muchas sociedades lo tratan como un trámite menor que se puede posponer indefinidamente, y es un error. El artículo 282 de la Ley de Sociedades de Capital establece que la falta de depósito de cuentas anuales en el Registro Mercantil implica el cierre registral de la hoja de la sociedad, lo que significa que no se puede inscribir ningún acto — nombramientos, poderes, ampliaciones de capital, nada — hasta que se regularice la situación. Además, el artículo 283 prevé multas de entre 1.200 y 60.000 euros, que pueden llegar hasta 300.000 euros si la sociedad tiene un volumen de facturación superior a 6 millones de euros.
Las pymes que cumplan los criterios del artículo 257 de la Ley de Sociedades de Capital pueden formular cuentas anuales abreviadas, lo que simplifica la presentación pero no elimina ninguna de las obligaciones anteriores en cuanto a plazos y depósito.
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Cooperativas, asociaciones y otras formas jurídicas
No todas las empresas son sociedades limitadas o autónomos. Las cooperativas y las asociaciones tienen sus propias obligaciones contables, reguladas por normativa específica, y conviene conocerlas porque no son pocas.
Cooperativas. Las sociedades cooperativas están obligadas a llevar contabilidad ajustada al Plan General de Contabilidad, igual que cualquier sociedad mercantil. La Ley 27/1999 de Cooperativas (artículo 61) establece que deben llevar libro diario, libro de inventarios y cuentas anuales, libro de actas y libro registro de socios. Además, las cooperativas tienen una particularidad contable relevante: deben separar los resultados cooperativos de los extracooperativos, lo que implica una contabilidad analítica que no es trivial. Las cuentas anuales se presentan ante el Registro de Cooperativas (no el Registro Mercantil, salvo en comunidades autónomas que dispongan otra cosa), y los plazos de formulación y aprobación son similares a los de las sociedades mercantiles.
Asociaciones. Las asociaciones declaradas de utilidad pública y las que reciban subvenciones o ayudas públicas están obligadas a llevar contabilidad formal y a presentar cuentas anuales ante el organismo correspondiente. La Ley Orgánica 1/2002, reguladora del Derecho de Asociación, establece esta obligación en su artículo 14. Las asociaciones que no estén declaradas de utilidad pública ni reciban fondos públicos tienen una obligación contable menos estricta, pero siguen obligadas a llevar una contabilidad que permita obtener la imagen fiel de su patrimonio, resultado y situación financiera.
Sociedades civiles con personalidad jurídica. Desde la reforma de 2016, las sociedades civiles con objeto mercantil tributan por el Impuesto sobre Sociedades y, por tanto, tienen las mismas obligaciones contables que una SL: contabilidad ajustada al PGC, cuentas anuales y depósito en el Registro Mercantil (en la medida en que les sea exigible). Las sociedades civiles con objeto profesional o no mercantil mantienen un régimen más sencillo, tributando por IRPF en atribución de rentas.
Comunidades de bienes. Las comunidades de bienes no tienen personalidad jurídica propia y tributan en régimen de atribución de rentas. Sus obligaciones contables son las que correspondan a sus comuneros individualmente, pero en la práctica necesitan llevar un registro de ingresos y gastos comunes que permita la correcta imputación a cada comunero.

Sanciones por incumplimiento: qué pasa cuando no se cumple
Las consecuencias de no cumplir con las obligaciones contables no son teóricas. Existen sanciones concretas, tipificadas en distintas normativas según el tipo de entidad y la naturaleza del incumplimiento.
Para sociedades mercantiles, las sanciones principales son las ya mencionadas por falta de depósito de cuentas anuales (artículo 283 de la Ley de Sociedades de Capital): multas de 1.200 a 60.000 euros, ampliables a 300.000 para sociedades con facturación superior a 6 millones. Pero hay más: la falta de contabilidad o la contabilidad irregular puede dar lugar a que los administradores respondan personalmente de las deudas sociales si la sociedad entra en concurso, al considerar que se ha generado o agravado la insolvencia por la falta de información contable.
Para autónomos y empresarios individuales, la Ley General Tributaria (artículos 200 y 201) tipifica como infracciones la falta de llevanza de libros registro, la llevanza con atraso superior a cuatro meses, o la llevanza de forma incorrecta. Las sanciones son multas fijas por cada ejercicio afectado, y además, el incumplimiento de las obligaciones registrales puede dar lugar a que Hacienda aplique estimación indirecta para determinar la base imponible — lo que en la práctica significa que es la Agencia Tributaria quien decide cuánto se ha ganado, sin que el contribuyente pueda aportar datos propios que lo contradigan.
En sede concursal, la contabilidad tiene un peso determinante. La Ley Concursal (Texto Refundido aprobado por RD Legislativo 1/2020) permite calificar el concurso como culpable si el deudor no ha llevado contabilidad, si la contabilidad presenta irregularidades relevantes o si los libros no han sido legalizados. La calificación de culpabilidad puede suponer la inhabilitación del administrador y la condena a cubrir el déficit concursal con su patrimonio personal.
Cómo un software contable reduce el riesgo de incumplimiento
Las obligaciones contables que se han descrito en los apartados anteriores no son complicadas por su contenido — son complicadas por su volumen, sus plazos y la necesidad de que todo cuadre entre sí. Una factura genera un asiento contable, el asiento tiene que cuadrar con el movimiento bancario, los movimientos alimentan los libros, los libros componen las cuentas anuales y las cuentas anuales se depositan en el registro. Cada eslabón de la cadena depende del anterior, y un error en el primer paso se arrastra hasta el último.
Ese es precisamente el tipo de problema que un software de contabilidad para pymes bien diseñado resuelve de raíz. No porque sea más rápido que una hoja de cálculo — que lo es — sino porque elimina las inconsistencias entre los distintos registros. Cuando la factura, el asiento, la conciliación bancaria y el libro registro viven en el mismo sistema y comparten los mismos datos, la probabilidad de que algo no cuadre baja drásticamente. Y cuando algo no cuadra, el sistema lo detecta antes de que llegue a una declaración tributaria o a unas cuentas anuales.
La legalización telemática de libros en el Registro Mercantil, la generación automática de los modelos fiscales a partir de la contabilidad, la conciliación bancaria automatizada que cruza movimientos con asientos sin intervención manual — todo eso no es un lujo tecnológico. Es la diferencia entre cumplir con las obligaciones contables de forma sostenible y cumplirlas a base de esfuerzo heroico una vez al año, la semana antes de que venza el plazo.
Conclusión
Las obligaciones contables en España están claramente definidas por la legislación: desde el artículo 25 del Código de Comercio hasta la Ley de Sociedades de Capital, pasando por la normativa específica de cooperativas, asociaciones y la regulación fiscal de los autónomos. Lo que varía según la forma jurídica es el alcance y la complejidad de esas obligaciones, pero el principio es el mismo para todos: contabilidad ordenada, libros al día, plazos cumplidos.
El incumplimiento tiene consecuencias reales — desde multas económicas hasta el cierre registral de la sociedad o la responsabilidad personal de los administradores en caso de concurso. La mejor forma de evitar esas consecuencias no es tener más voluntad ni más disciplina, sino tener un sistema donde los datos fluyan correctamente desde la primera factura hasta las cuentas anuales. Si eso es lo que necesitas, en la página de software de contabilidad se explica cómo funciona Cruasan y cómo encaja en ese proceso.
Preguntas frecuentes
¿Un autónomo en estimación directa simplificada necesita llevar contabilidad formal?
No. Los autónomos en estimación directa simplificada no están obligados a ajustar su contabilidad al Plan General de Contabilidad. Basta con llevar los libros registro de ventas e ingresos, compras y gastos, y bienes de inversión. Solo los autónomos en estimación directa normal (generalmente con facturación superior a 600.000 euros) deben llevar contabilidad formal completa.
¿Cuál es el plazo para depositar las cuentas anuales en el Registro Mercantil?
Las cuentas anuales deben depositarse en el Registro Mercantil dentro del mes siguiente a su aprobación por la junta general. Como la junta debe celebrarse dentro de los seis primeros meses del ejercicio, el plazo máximo habitual es el 30 de julio para sociedades con ejercicio coincidente con el año natural.
¿Qué pasa si una SL no deposita las cuentas anuales?
La falta de depósito conlleva el cierre de la hoja registral de la sociedad (no se puede inscribir ningún acto) y una multa de entre 1.200 y 60.000 euros, ampliable a 300.000 euros para sociedades con facturación superior a 6 millones. Además, en caso de concurso, la irregularidad contable puede derivar en calificación culpable y responsabilidad personal del administrador.
¿Las cooperativas depositan sus cuentas en el Registro Mercantil?
No. Las cooperativas depositan sus cuentas anuales en el Registro de Cooperativas correspondiente (estatal o autonómico, según el ámbito territorial de su actividad). Las obligaciones de formulación, aprobación y depósito son similares a las de las sociedades mercantiles, pero el organismo receptor es diferente.
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